Finalmente me animé a ordenar los links y tutoriales que tengo de R y PERL 🙂

fotos de mi abuelita estudiando del “Libro de la llama” y del libro BIOCONDUCTOR, con paquetes para biología de R 🙂

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O’ REILLY OPEN BOOKS

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O’ Reilly puso algunos libros gratis acá: http://www.oreilly.com/openbook/

Aprovecho el impulso y les dejo con algo más que les puede ser útil:

RESUMENES DE COMANDOS DE Perl y R :

perlrefcard.pdf

refcard.pdf

Además, tengo algunos pdfs de manuales de Perl que si quieren puedo enviarles por email 😉
(The Perl Cookbook O’Reilly y la “Referencia Compelta Perl” McGraw Hill entre otros)

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Cómo buscar un patrón en un file desde la linea de comandos ?

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#con Perl ,

perl -ne 'if( /patron/ ){ print }' inputfile

# Imprimirá las filas con ese patrón -)

despues lo tiramos a un file por la cañeria si queremos

perl -ne ‘if( /patron/ ){ print }’ inputfile > outputfile

listo -)

Obviamente con grep ‘patrón’ hubiera sido mas corto dirán ustedes, pero veamos como se vería en un split de Perl.

Cortemos por comas un file de dos columnas e imprimamos estas “hacia abajo” . Luego con un sort uniq y a un grep -v, que nos eliminará aquellas filas con un name que no queramos imprimir (Bush).

paz amor

familia alegría

auto feo

feo Bush

perl -ne ’split(/,/); print $_[0],”\n”,$_[1],”\n”‘ inputfile | sort | uniq | grep -v bush > outputfile

output file luce asi:

paz

amor

familia

alegria

auto

feo

#muy largo?

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11 Responses to “Hola, aprendamos R y Perl”


  1. R Para pricipiantes:

    Este blog tiene como objetivo acompañarme en el aprendizaje del lenguaje de programación R.
    Espero sirva a algún otro ente que quiera conocer este lenguaje desde lo más básico y encontrar feedback.

    Quizás al hacer este blog ordene la información reunida.


  2. como hacer una busqueda de un patrón con perl desde la linea de comandos?
    perl -ne ‘if( /patron/ ){ print }’ inputfile

    despues lo tiramos a un file por la cañeria si queremos

    perl -ne ‘if( /patron/ ){ print }’ inputfile > outputfile

    listo

  3. hola Says:

    obviamente con grep hubiera sido mas corto, pero veamos como se ve un split de perl, cortando por comas acomplado a un sort uniq y a un grep -v, que nos eliminará auellas filas con un name que no queremos

    perl -ne ‘split(/,/); print $_[0],”\n”,$_[1],”\n”‘ inputfile | sort | uniq | grep -v elnamequenoqueremos > outputfile

  4. Karen Says:

    Hi Alex, how r u? yaaa
    Oye esta linda tu pagina. No entiendo de tus temas de R y Perl. De repente podrias colocar una breve explicacion introductoria, pa entusiasmar al ciberlector po………………………
    Bueno…ya esta, un abrazo.

    1. orlando Says:

      Me podrías enviar el “Manual de Referencias Perl” de McGraw Hill. Me sería de mucha ayuda.

      Saludos.

  5. Ana Lucia Says:

    Hey!, que tal? me metí aquí a ver si figuraba el mail de contacto pero no lo veo, no me podrías enviar un correo al mio? gracias, un beso, soy Ana Lucia de http://chiflame.net/

  6. orlando Says:

    Me podrías enviar “Manual de Referencia Perl” de McGraw Hill. Me sería de mucha ayuda.

    Saludos.


    1. Hola,

      estudias Ing en bioinformatik en talca? No habia visto tu correo…En el blog no escribo hace como un año y este email casi no lo uso

      te mando el manual

      saludos

      alex

      Alexander Vergara. Ingeniero en Biotecnología Molecular. Doctor en Ciencias. Facultad de Ciencias – Universidad de Chile.

      https://alexandervergara.wordpress.com

  7. Rodrigo Badilla Says:

    Hola Alexander,

    Q bueno encontrar una pagina como la tuya y q sea “clara” para los q recien nos estamos adentrando en R, Necesito utilizar un paquete llamado Master Bayes, no se si lo ubicas, he tratado de hacerlo pero me sale q tengo q instalar Perl, lo baje pero he tenido problemas para instalarlo, me podrias dar algunas luces de como hacerlo, te conte q estoy recien en esto asi q mientras mas “a prueba de tontos” mejor…
    Saludos
    Rodrigo


    1. hola

      wena wena…. nunca reviso este correo y el blog lo tengo medio botado donde estas instalando las cosas? en windows? te lo pregunto pues yo no te lo aconsejo. Si de verdad empezaras a utilizar R y Perl lo mejor es q te cambies a alguna distribucion de Linux onda Ubuntu es el mas facil en mi opinion…… o ya lo tienes? es super palta instalar paquetes desde la linea de comandos….otra buena opcion sera Mac 😉 windows lo puedes dejar en una particion aparte y cuando lo necesites lo usas….(si es que….)

      me sigues? cuentame como te va y si tengo t te ayudo mi correo q reviso es vergara.alexander@gmail.com salu2 y suerte alex

      Alexander Vergara. Ingeniero en Biotecnologa Molecular. Doctor en Ciencias. Facultad de Ciencias – Universidad de Chile.

      https://alexandervergara.wordpress.com

  8. Luis Says:

    Saludos Alexander,,,
    Quiero ver si me puedes enviar el “Manual de Referencia Perl” de McGraw Hill,,, xfa,,,

    Lo he buscado un montón y de verdad que sería de mucha ayuda,,,

    Saludos.

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