Finalmente me animé a ordenar los links y tutoriales que tengo de R y PERL 
fotos de mi abuelita estudiando del “Libro de la llama” y del libro BIOCONDUCTOR, con paquetes para biología de R
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O’ REILLY OPEN BOOKS
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O’ Reilly puso algunos libros gratis acá: http://www.oreilly.com/openbook/
Aprovecho el impulso y les dejo con algo más que les puede ser útil:
RESUMENES DE COMANDOS DE Perl y R :
Además, tengo algunos pdfs de manuales de Perl que si quieren puedo enviarles por email 
(The Perl Cookbook O’Reilly y la “Referencia Compelta Perl” McGraw Hill entre otros)
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Cómo buscar un patrón en un file desde la linea de comandos ?
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#con Perl ,
perl -ne 'if( /patron/ ){ print }' inputfile
# Imprimirá las filas con ese patrón 
despues lo tiramos a un file por la cañeria si queremos
perl -ne ‘if( /patron/ ){ print }’ inputfile > outputfile
listo
Obviamente con grep ‘patrón’ hubiera sido mas corto dirán ustedes, pero veamos como se vería en un split de Perl.
Cortemos por comas un file de dos columnas e imprimamos estas “hacia abajo” . Luego con un sort uniq y a un grep -v, que nos eliminará aquellas filas con un name que no queramos imprimir (Bush).
paz amor
familia alegría
auto feo
feo Bush
perl -ne ’split(/,/); print $_[0],”\n”,$_[1],”\n”‘ inputfile | sort | uniq | grep -v bush > outputfile
output file luce asi:
paz
amor
familia
alegria
auto
feo
#muy largo?
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USANDO DISTRIBUCION HIPERGEOMETRICA EN R
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Hola, este comentario lo pongo para dar un ejemplo de muestreo estadístico sin reemplazo usando R.
Piensen en una fiesta llena de mujeres. ( N feminas en total ).
Definamos 2 tipos de feminas: las “ricas” y las “No ricas”.
“mina rica” = expresión polular en CHILE para hacer referencia a mujeres guapas.
Hay “R” minas ricas y “1-R” minas No ricas.
supongamos que el numero de “minas ricas”= 5 y el de “No ricas” = 45 en esta fiesta (siempre hay menos ricas)
Haciendo un muestreo sin reemplazo de 10 minas minas del carrete al azar,¿Cuál es la probabilidad de que 4 de las 10 minas sean ricas? ¿Cómo calcular esto con R?
el código sería:
……………………………………………………….
choose (5,4) * choose (45,6) / choose (50,10)
……………………………………………………….
Hazlo!! te dará una probabilidad baja como obviamente esperas, pero es un ejemplo ilustrativo de como hacerlo en R
el resultado….. 0.0039 jajajajjaja
un uso práctico de la distribución hipergeométrica
February 28, 2007 at 12:49 am
R Para pricipiantes:
Este blog tiene como objetivo acompañarme en el aprendizaje del lenguaje de programación R.
Espero sirva a algún otro ente que quiera conocer este lenguaje desde lo más básico y encontrar feedback.
Quizás al hacer este blog ordene la información reunida.
April 8, 2007 at 2:36 am
como hacer una busqueda de un patrón con perl desde la linea de comandos?
perl -ne ‘if( /patron/ ){ print }’ inputfile
despues lo tiramos a un file por la cañeria si queremos
perl -ne ‘if( /patron/ ){ print }’ inputfile > outputfile
listo
April 8, 2007 at 2:48 am
obviamente con grep hubiera sido mas corto, pero veamos como se ve un split de perl, cortando por comas acomplado a un sort uniq y a un grep -v, que nos eliminará auellas filas con un name que no queremos
perl -ne ‘split(/,/); print $_[0],”\n”,$_[1],”\n”‘ inputfile | sort | uniq | grep -v elnamequenoqueremos > outputfile
April 12, 2007 at 11:44 am
Hi Alex, how r u? yaaa
Oye esta linda tu pagina. No entiendo de tus temas de R y Perl. De repente podrias colocar una breve explicacion introductoria, pa entusiasmar al ciberlector po………………………
Bueno…ya esta, un abrazo.
January 26, 2011 at 11:10 pm
Me podrías enviar el “Manual de Referencias Perl” de McGraw Hill. Me sería de mucha ayuda.
Saludos.
May 16, 2008 at 1:54 am
Hey!, que tal? me metí aquí a ver si figuraba el mail de contacto pero no lo veo, no me podrías enviar un correo al mio? gracias, un beso, soy Ana Lucia de http://chiflame.net/
January 26, 2011 at 11:12 pm
Me podrías enviar “Manual de Referencia Perl” de McGraw Hill. Me sería de mucha ayuda.
Saludos.
February 25, 2011 at 8:09 pm
Hola,
estudias Ing en bioinformatik en talca? No habia visto tu correo…En el blog no escribo hace como un año y este email casi no lo uso
te mando el manual
saludos
alex
Alexander Vergara. Ingeniero en Biotecnología Molecular. Doctor en Ciencias. Facultad de Ciencias – Universidad de Chile.
http://alexandervergara.wordpress.com
June 15, 2011 at 8:38 pm
Hola Alexander,
Q bueno encontrar una pagina como la tuya y q sea “clara” para los q recien nos estamos adentrando en R, Necesito utilizar un paquete llamado Master Bayes, no se si lo ubicas, he tratado de hacerlo pero me sale q tengo q instalar Perl, lo baje pero he tenido problemas para instalarlo, me podrias dar algunas luces de como hacerlo, te conte q estoy recien en esto asi q mientras mas “a prueba de tontos” mejor…
Saludos
Rodrigo
July 5, 2011 at 6:43 pm
hola
wena wena…. nunca reviso este correo y el blog lo tengo medio botado donde estas instalando las cosas? en windows? te lo pregunto pues yo no te lo aconsejo. Si de verdad empezaras a utilizar R y Perl lo mejor es q te cambies a alguna distribucion de Linux onda Ubuntu es el mas facil en mi opinion…… o ya lo tienes? es super palta instalar paquetes desde la linea de comandos….otra buena opcion sera Mac
windows lo puedes dejar en una particion aparte y cuando lo necesites lo usas….(si es que….)
me sigues? cuentame como te va y si tengo t te ayudo mi correo q reviso es vergara.alexander@gmail.com salu2 y suerte alex
Alexander Vergara. Ingeniero en Biotecnologa Molecular. Doctor en Ciencias. Facultad de Ciencias – Universidad de Chile.
http://alexandervergara.wordpress.com